畸形精子的危害很多，主要有以下几种：

1、男科疾病的发生：精液中出现大量精子畸形反映睾丸有异常。某些药物也可以使精子畸形率上升。精索静脉曲张可以导致精子畸形增加。

2、会导致男性不育：不育症精液常规检查中，半数以上的精子是畸形的，如圆锥形头、双头、双尾、尾卷曲等。虽然畸形精子有时也能够让女性受孕，但是畸形精子对胎儿有很大的影响，可导致畸胎现象。

导致精子畸形率高的原因有多种，比如经常接触有毒物质、饮食不良等，患者应当远离有毒物质，改变周围的工作与生活环境，合理膳食，戒烟、戒酒。

畸形精子的男性病人通常会有性功能障碍，而性功能障碍直接危害到男性的生育能力，如果精子畸形过多，受精时的筛选余地就小，即使受精也一定处于低质量、低水准的受精状态，对优生十分不利，流产、早产、胎儿异常等异常发生的几率增加。

如果是一些疾病所导致的精子畸形率高，比如生殖系统炎症、肿瘤等。在确诊后，还应针对原发病进行治疗。